［文献解读］健康人也有TP53突变

Ultra-deep sequencing detects ovarian cancer cells in peritoneal fluid and reveals somatic TP53 mutations in noncancerous tissues
ProcN atl Acad Sci U S A.  March  2016 IF: 9.4

背景

1.超深度测序，即采用Duplex sequencing方法，对DNA双链分别进行独立标记和测序。该方法通过筛选同时发生于两条链同一位置的突变，大大提升测序精度、降低假阳性错误率。

2.高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)患者的5年生存率低（10%-30%），主因是缺乏有效的早筛工具。

3.HGSOC常在早期通过腹腔转移，且>96%的患者含有TP53突变。因此，运用高灵敏度的测序方法检测腹水中的TP53突变，能够为卵巢癌的早诊提供可能性。

摘要

运用Duplex sequencing方法，检测了17份HGSOC腹水和20份健康女性腹水中TP53的突变情况。

1.HGSOC患者腹水中的肿瘤组织TP53突变检出率为94% (16/17)；

2.几乎所有腹水样品（35/37）中都能检测到TP53的低频突变 (中位突变频率为1/13139)；

3.通过TP53突变负荷来区别癌症患者和健康人群的灵敏度为82% (14/17)，特异性为90% (18/20)。

意义:

1.Duplex sequencing具有高灵敏度和准确性，能从HGSOC患者腹水中检测极少量的癌细胞；

2.明确“生物学背景”突变在人群中广泛存在，与疾病和年龄相关。

腹水和组织的TP53突变具有高度一致性

原发瘤中鉴定的TP53突变在94%（16/17）的患者腹水中检出，其中包括9例细胞病理诊断为阴性的患者。

低频TP53突变在大部分人群的腹水中检出

1.低频TP53突变（< 0.001）在大部分癌症病人（A）和健康人群（B）腹水中都能够检出。

2.为了与肿瘤TP53突变进行区分，将经常出现的低频TP53突变称为“生物学背景”。

3.11/16的卵巢癌患者中，肿瘤TP53突变频率高于背景突变，且50% (8/16)的样本高于背景突变10倍以上。

癌症患者和健康人群具有相似的TP53背景突变

分析了分别来自癌症患者和健康人群的97个和100个TP53背景突变的突变特征

1.大部分TP53背景突变为错义突变 (A)；

2.80%的错义突变会导致P53蛋白失活或部分失活 (B)；

3.TP53背景突变的频谱分析也具有相似性(C)。

低频的TP53背景突变与肿瘤和年龄相关

1.卵巢癌患者的TP53背景突变频率高于健康人群;

2.健康人群中外显子和内含子区域的TP53背景突变频率均与年龄显著相关，年龄越大，频率越高 (A,B);

3.癌症患者仅内含子区域的TP53背景突变频率与年龄相关 (C,D)。

TP53突变负荷可作为癌症分子标记

那么，如何在未知组织TP53突变的情况下区分肿瘤患者和健康人群呢？

基于TP53突变普遍存在且突变频率与肿瘤相关，作者尝试采用一个样本中TP53分子的总突变负荷作为biomarker。

定义：突变负荷= TP53突变总数/测得的核苷酸总数

1.14/17的卵巢癌患者，腹水TP53突变负荷>10-6；

2.2/20的健康人群达到了该阈值，但该2例为入组人群中年龄最大；

3.运用该方法区分癌症患者和健康人的灵敏度为82% (14/17)，特异性为90% (18/20)

低频TP53突变在外周血的检出情况

1.低频TP53突变在外周血的检出率为100%；

2.22% (13/58)的背景突变与腹水匹配；

3.7份癌症患者的外周血样本中，仅一例检出组织TP53突变。

讨论

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